В Финологе простой учёт запасов товаров, без складов. Запасы отображаются:
2. В отчёте «Баланс» в графе «Запасы»:

При создании или редактировании товара в справочнике товаров есть графа «Начальный остаток». Это как бы «нулевая отгрузка», которую нужно заполнить, когда вы начинаете вести учёт товаров в Финологе:

Пополняйте запасы с помощью отгрузок в закупочных заказах:
Создайте заказ на закупку.
Заполните позиции заказа.
Создайте отгрузку. Отгрузка должна быть в запасы:

Списание запасов происходит также, в отгрузках. Но уже в заказах на продажу:
Создайте заказ на продажу.
Заполните позиции заказа.
Создайте отгрузку. Отгрузка должна быть из запасов:

Обратите внимание, что нельзя отгрузить товаров больше, чем осталось в запасах:
