Чтобы учесть овердрафт — создайте статьи в финансовой деятельности и применяйте их для операций получения и погашения овердрафта. Например:
Получение займа — если банк предоставил вам овердрафт. Статья должна быть в финансовой деятельности;
Погашение займа — если банк списал с вас сумму, полученную по овердрафту. Статья должна быть в финансовой деятельности;
Погашение процентов — если банк списал с вас комиссию за использование овердрафта. А вот это уже будет операционная деятельность.
Пример ниже: банк предоставил овердрафт на 30 000 рублей, а потом списал их вместе с комиссией.
Для каждой статьи вы можете настроить автозаполнение. Например, по описанию в операции из банковской выписки.