Что будет, если удалить статью или контрагента?

Если вы удалите статью или контрагента, то операции с их участием останутся на месте. Поле «Контрагент» для них станет пустым, а статья — перечеркнутой. Если такие операции не будут попадать в период отчета ДДС, то не будут отображаться нигде. 

Восстановить статьи/контрагентов можно в «Корзине»: